Tiene una superficie de 2583 m² con más 300 puestos ofreciendo una gran variedad de productos locales y exóticos, tanto a los compradores particulares como a los restauradores de la ciudad. Es el mercado más grande de Cataluña, el más variado en oferta alimentaria y también el más visitado por los turistas.

El mercado fue inaugurado en 1840, pero sus orígenes están al aire libre, ante las puertas de la antigua ciudad, en la explanada del Pla de la Boqueria, donde vendedores ambulantes y labradores de los pueblos y masías próximas se instalaban con el fin de vender sus productos, antes de que la ciudad se saliera de sus primeras murallas. Este mercado se hacía fuera de las murallas de la ciudad por ahorrar el impuesto de entrada de mercancías.

Antes del mercado, estuvo en el mismo lugar el convento de San José. En 1586 los carmelitas descalzos fundaron el convento en el lugar donde hoy está el mercado. 

Tras el incendio del convento, este se suprimió, se expropió a los carmelitas el edificio, se demolió y fue construida en su lugar una plaza con grandes columnas rodeada de porches, que sería la más grande de Barcelona. Se decidió trasladar el mercado de manera temporal en su interior, pero finalmente sería su emplazamiento definitivo. Las obras de techado se iniciaron el día de San José de 1840.

La cubierta metálica actual se inauguró en 1914. La última modificación arquitectónica del mercado fue en el año 2000, y actualmente se prepara otra que afectará sobre todo la plaza de la Gardunya. A lo largo de los años, se ha convertido en el mercado emblemático de todos los de Barcelona. El colectivo de vendedores, la estructura y situación del mercado lo convierten en un lugar de visita obligada para compradores y turistas.

Cada vez hay más establecimientos del mercado regentados por inmigrantes, en los que se encuentran especialidades de Japón, Italia, Grecia o los países árabes.